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- W169040088 abstract "Ce travail a pour objet l'analyse de donnees transcriptome et proteome pour l'etude des reponses aux stress oxydants et aux metaux lourds, en particulier chez la cyanobacterie Synechocystis. Cet organisme procaryote permet notamment d'aider a la comprehension des plantes tout en etant facilement manipulable genetiquement. La demarche a d'abord consiste a analyser les reponses transcriptionnelles des genes de Synechocystis en conditions de stress, notamment en presence de cadmium ou de peroxyde d'hydrogene. Des methodes de prediction d'interactions proteine-proteine ont ensuite ete developpees afin de construire un reseau d'interactions. Ce dernier a ete compare a un reseau d'interactions identifiees experimentalement, notamment en termes de structure. Puis il a ete complete avec les donnees de transcriptome precedemment analysees, afin d'obtenir une vision plus integree des differents phenomenes et d'etudier la dynamique des modules fonctionnels. Les resultats font apparaitre differentes phases dans les reponses transcriptionnelles, ainsi que des groupes fonctionnels de proteines en interaction et co-exprimees. De plus, l'automatisation d'une methode de classification mixte hierarchique-pyramidale est proposee. Une methode d'identification de biais de composition entre des groupes de proteines a aussi ete developpee. Par ailleurs, un outil de prediction d'interactions proteine-proteine, applicable a toutes les especes sequencees, a ete developpe. Ce logiciel open-source, InteroPorc, presente l'avantage d'etre flexible, puisqu'il peut s'appliquer a differents jeux d'interactions sources. En outre, l'outil est facilement utilisable en ligne a travers une interface web." @default.
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