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• W200093408 abstract "Les regions du genome portant des polymorphismes associes a la variation des caracteres quantitatifs sont nommees en anglais quantitatif trait loci (QTL). Jusqu'a recemment la cartographie des QTL etait principalement basee sur des marqueurs microsatellites. La densite de cartes de microsatellites est telle que la detection des associations entre les marqueurs et les QTLs ne peut etre basee que sur l'analyse de liaison (LA), ou la structure familiale est importante. Une fois qu'une region chromosomique a ete identifiee comme porteuse d'un QTL putatif, plus de marqueurs doivent etre developpes pour obtenir une densite plus elevee dans cette region. Cette cartographie fine doit reduire suffisamment l'incertitude sur la position du QTL pour que l'identification des mutations de(s) gene(s) devienne faisable. Les nouveaux marqueurs SNP rendent possible cet objectif et permettent la cartographie fine du QTL sur la base du desequilibre de liaison (LD) entre certains alleles marqueurs et le QTL. Le choix de la structure genetique de la population experimentale pour cette cartographie fine par l'analyse conjointe des transmissions intrafamille et du desequilibre de liaison dans la population generale (approche dites LDLA) se pose apres une etape de primo localisation par analyse de liaison, ou directement quand la primo detection et la localisation fine sont confondues dans une seule etape de cartographie. Cette question est abordee dans ce travail. La demarche de cette these a ete construite en trois etapes : (i) Validation d'une nouvelle methode LDLA de type regression lineaire (Legarra et Fernando, 2009) et comparaison numerique par simulations de cette methode avec la methode de composantes de variance basee sur l'estimation des probabilites IBD (identical by descendant) de Meuwissen et al. , (2002). La methode par regression est generalement aussi precise et toujours beaucoup plus rapide que la methode de Meuwissen et al. (2002). (ii) Optimisation, sur la base de la methode de regression, des protocoles experimentaux definis par le nombre de descendants par pere et le type de structure (demi-freres et un melange de pleins-et demi-freres). Nous trouvons que le QTL est localise plus precisement en utilisant les methodes LDLA que LA et que la structure du dispositif experimental et la taille des haplotypes ont un impact considerable sur la precision de la localisation d'un QTL. Un equilibre entre le nombre et la taille des familles est a determiner selon les caracteristiques de l'application pratique (longueur du segment explore, densite en marqueurs, taille de la population totale etc. . . ). (iii) Application des methodes de cartographie au cas de la production de laine chez le mouton, un exemple possible parmi d'autres caracteres. Dans un premier temps, nous avons applique l'analyse de liaison a une population de Merinos Argentins sur laquelle ont ete mesures des caracteres de production de laine. Cette population comprenait 617 individus repartis en 10 familles de demi-freres de pere. 48 microsatellites ont ete utilises pour marquer 280,7 cM dans des regions du genome a priori interessantes. Des QTL ont ete trouves, notamment un QTL affectant le caractere coefficient de variation du diametre de fibres a 67,6 cM sur le chromosome 11. Dans une seconde etape, nous avons evalue, pour les caracteristiques particulieres de cette population, les recommandations de la partie (ii) pour l'organisation d'un protocole LDLA de cartographie fine dans cette population reelle. Plusieurs situations ont ete envisagees en changeant le nombre de descendants par famille et la densite des marqueurs. Ce travail nous a permis de faire des recommandations pratiques pour affiner la localisation des QTL de laine." @default.
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