FRINK Linked Data Fragments server

Matches in SemOpenAlex for { <https://semopenalex.org/work/W2023609202> ?p ?o ?g. }

• W2023609202 endingPage "659" @default.
• W2023609202 startingPage "649" @default.
• W2023609202 abstract "Some of the present problems in ribotyping are associated with a lack of uniform reactivity of probes when bacterial DNAs are of phylogenetically diverse origins. To overcome these problems, a set of five oligonucleotides (referred to as OligoMixS) was selected to react with conserved sequences located near both extremities of rrs (16S rRNA gene) and near both extremities and the middle of rrl (23S rRIMA gene). DNA samples from 13 bacterial species selected to represent various phylogenetic branches within the Eubacteria were cleaved by a restriction endonuclease and electrophoresed in 0.8% agarose, and the fragments were vacuum-transferred to nylon membranes and hybridized with digoxigenin-labelled OligoMix5, plasmid DNA from pKK3535 (cloned rrn operon from Escherichia coli) or pBA2 (cloned rrs from Bacillus subtilis), or acetylaminofluorene-labelled E. coli 16+23S rRNA. The results showed OligoMix5 to visualize patterns in DNA from phylogenetically diverse bacteria with comparable intensity. Banding patterns (not band intensity) obtained with OligoMix5 were identical with those obtained with 16+23S rRNA or plasmid pKK3535 for each strain studied and represented complete ribotypes. For DNA from Gram-positive bacteria, complete ribotypes were observed after prolonged enzymatic detection of bands when probes were either E. coli 16+23S rRNA or pKK3535. Patterns given by plasmid pBA2 were subsets of the complete ribotypes for 9/13 strains. Each oligonucleotide of the OligoMix5 set was used as a probe to determine its contribution to the complete ribotype. The five oligonucleotide probes, used individually, visualized one to four patterns per DNA sample. Use of DNA from Xenorhabdus sp. CIP 105189 cleaved by EcoRI is suggested to control the quality of the oligonucleotide probes composing OligoMixB. Probe OligoMixB was found to be an essential tool for ribotyping phylogenetically diverse eubacteria. En ribotypie, certains problèmes sont dus au fait que la sonde (ARNr 16+23S d'une bactérie) ne réagit pas avec la même intensité lorsque les ADN proviennent d'espèces d'origines phylogénétiques variées. Pour résoudre ce problème, un ensemble de cinq oligonucléotides (mélange appelé OligoMix5) a été choisi pour réagir avec des séquences conservées présentes près des extrémités du gène rrs (codant l'ARNr 16S) et près des extrémités et au milieu du gène rrl (codant l'ARNr 23S). L'ADN de 13 espèces eubactériennes représentant des branches phylogénétiques variées a été clivé par une endonucléase de restriction, soumis à une électrophorèse en 0,8% d'agarose et les fragments ont été transférés (transfert par le vide) à une membrane de nylon et hybrides avec OligoMix5 marqué par la digoxigénine ou avec le plasmide pKK3535 (opéron rrn clone de Escherichia coli) ou pBA2 (gène rrs de Bacillus subtilis) ou l'ARNr 16+23S de E. coli marqué par l'acétylaminofluorène. Les résultats montrent que OligoMix5 rend avec la même intensité des profils à partir d'ADN de bactéries phylogénétiquement diverses. Les profils, et non l'intensité des bandes, obtenus avec OligoMix5 sont identiques à ceux obtenus avec l'ARNr 16+23S ou avec le plasmide pKK3535, pour chaque souche étudiée. Ces profils représentent les ribotypes complets. Avec l'ADN de bactéries à Gram positif, on a observé des ribotypes complets en prolongeant la révélation enzymatique des bandes lorsque la sonde était l'ARNr 16+23S de E. coli ou pKK3535. Les profils donnés par pBA2 étaient un sous-ensemble des ribotypes complets. Les cinq oligonucléotides utilisés individuellement ont révélés un à quatre profils par souche. L'utilisation de l'ADN de la souche Xenorhabdus sp. CIP 105189, clivé par EcoRI, est recommandée pour le contrôle de la qualité des oligonucléotides composant OligoMix5. Le mélange OligoMix5 est un outil essentiel pour le ribotypage d'eubactéries phylo-génétiquement éloignées." @default.
• W2023609202 created "2016-06-24" @default.
• W2023609202 creator A5056148043 @default.
• W2023609202 creator A5077306941 @default.
• W2023609202 creator A5091004361 @default.
• W2023609202 date "1997-10-01" @default.
• W2023609202 modified "2023-10-17" @default.
• W2023609202 title "Universal ribotyping method using a chemically labelled oligonucleotide probe mixture" @default.
• W2023609202 cites W1592704441 @default.
• W2023609202 cites W1674824609 @default.
• W2023609202 cites W1948114107 @default.
• W2023609202 cites W1971626853 @default.
• W2023609202 cites W1975832297 @default.
• W2023609202 cites W2002409811 @default.
• W2023609202 cites W2004540984 @default.
• W2023609202 cites W2006992007 @default.
• W2023609202 cites W2014219249 @default.
• W2023609202 cites W2024511102 @default.
• W2023609202 cites W2042925915 @default.
• W2023609202 cites W2053460370 @default.
• W2023609202 cites W2062755782 @default.
• W2023609202 cites W2077580614 @default.
• W2023609202 cites W2082148576 @default.
• W2023609202 cites W2085905473 @default.
• W2023609202 cites W2091553210 @default.
• W2023609202 cites W2097346213 @default.
• W2023609202 cites W2103643226 @default.
• W2023609202 cites W2159874308 @default.
• W2023609202 cites W2163746975 @default.
• W2023609202 cites W276370537 @default.
• W2023609202 cites W2981823671 @default.
• W2023609202 doi "https://doi.org/10.1016/s0923-2508(99)80064-3" @default.
• W2023609202 hasPubMedId "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9765850" @default.
• W2023609202 hasPublicationYear "1997" @default.
• W2023609202 type Work @default.
• W2023609202 sameAs 2023609202 @default.
• W2023609202 citedByCount "111" @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022012 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022013 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022014 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022015 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022016 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022017 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022020 @default.
• W2023609202 countsByYear W20236092022021 @default.
• W2023609202 crossrefType "journal-article" @default.
• W2023609202 hasAuthorship W2023609202A5056148043 @default.
• W2023609202 hasAuthorship W2023609202A5077306941 @default.
• W2023609202 hasAuthorship W2023609202A5091004361 @default.
• W2023609202 hasConcept C104317684 @default.
• W2023609202 hasConcept C111824103 @default.
• W2023609202 hasConcept C128319531 @default.
• W2023609202 hasConcept C129312508 @default.
• W2023609202 hasConcept C130123407 @default.
• W2023609202 hasConcept C130197536 @default.
• W2023609202 hasConcept C145169222 @default.
• W2023609202 hasConcept C153911025 @default.
• W2023609202 hasConcept C193252679 @default.
• W2023609202 hasConcept C207812311 @default.
• W2023609202 hasConcept C22744801 @default.
• W2023609202 hasConcept C2777368272 @default.
• W2023609202 hasConcept C3017666073 @default.
• W2023609202 hasConcept C40749294 @default.
• W2023609202 hasConcept C49105822 @default.
• W2023609202 hasConcept C54355233 @default.
• W2023609202 hasConcept C547475151 @default.
• W2023609202 hasConcept C54871578 @default.
• W2023609202 hasConcept C552990157 @default.
• W2023609202 hasConcept C67705224 @default.
• W2023609202 hasConcept C67905577 @default.
• W2023609202 hasConcept C86803240 @default.
• W2023609202 hasConcept C88478588 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C104317684 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C111824103 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C128319531 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C129312508 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C130123407 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C130197536 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C145169222 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C153911025 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C193252679 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C207812311 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C22744801 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C2777368272 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C3017666073 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C40749294 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C49105822 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C54355233 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C547475151 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C54871578 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C552990157 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C67705224 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C67905577 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C86803240 @default.
• W2023609202 hasConceptScore W2023609202C88478588 @default.
• W2023609202 hasIssue "8" @default.
• W2023609202 hasLocation W20236092021 @default.
• W2023609202 hasLocation W20236092022 @default.

• next