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- W2054134279 abstract "L’utilisation des antirétroviraux antagonistes de CCR5 nécessite la détermination préalable et le suivi de l’utilisation des corécepteurs d’entrée du HIV-1. Le séquençage direct de la région V3 env pourrait offrir une alternative simple aux techniques phénotypiques complexes actuellement utilisées pour déterminer le tropisme du HIV-1. L’utilisation des corécepteurs d’entrée a été déterminée en parallèle par séquençage direct de V3 et par un test phénotypique chez 103 patients candidats à un traitement par antagoniste de CCR5. Les données génotypiques et phénotypiques ont été obtenues chez 98 des patients testés. Les performances de différents outils génotypiques pour la détection des virus utilisant le corécepteur CXCR4 ont été comparées au test de référence phénotypique. La règle basée sur les mutations aux positions 11 et 25 de la région V3 avait une sensibilité de 65 % et une spécificité de 94 % pour la détection des virus utilisant CXCR4. Les outils bioinformatiques WebPSSM et Geno2Pheno avaient respectivement une sensibilité de 69 % et 88 % et une spécificité de 97 % et 87 % pour la détection des virus utilisant CXCR4. Nous proposons un nouvel algorithme pour prédire l’utilisation des corécepteurs d’entrée, basé sur la combinaison de la règle 11/25 avec la charge électrostatique nette de la boucle V3. Cet algorithme simple a permis d’obtenir des performances similaires aux approches bioinformatiques avec une sensibilité de 77 % et une spécificité de 96 % pour la détection des virus utilisant CXCR4. La concordance globale obtenue entre cette approche génotypique et le test phénotypique a été de 91 %." @default.
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