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• W205417695 abstract "Ces dernieres annees de nombreuses recherches ont montre l’importance des petits ARN dans la regulation de l’expression des genes, chez tous les organismes vivants, des bacteries aux mammiferes. Le projet de cette these etait de recherche et d’identifier des petits ARN chez une bacterie pathogene pour l’homme, Helicobacter pylori (Hp). Cette bacterie colonise exclusivement l’estomac humain, un organe qui pendant longtemps a ete considere comme etant sterile, en raison du pH parfois tres acide qui y regne. L’infection persistante de l’estomac humain causee par Hp est associee avec plusieurs pathologies gastriques tels que les gastrites, les ulceres peptiques, les cancers gastriques et les lymphomes du MALT. La moitie de la population est infectee par Hp, qui est responsable d’environ 1 million de deces par an a travers le monde, et de 6000 nouveaux cas de cancers gastrique par an en France. Au cours de ma these, j’ai travaille en etroite collaboration avec le groupe du Pr. Jorg Vogel (RNA Biology, MPI, Berlin, Allemagne) pour developper une methode rapide et efficace d’analyse du transcriptome complet d’Hp, en s’appuyant sur une nouvelle sur une technologie emergente de pyrosequencage haut-debit (HTPS 454 technology, Life Science, USA). Notre methode de sequencage du transcriptome d’Hp a partir de banques enrichies en transcrits primaires (dRNA-seq), nous a permis d’identifier les sites d’initiation de la transcription (TSS) de milliers de d’ARN. Plus de la moitie de ces TSS ont ete associes a des petits ARN non codants, de courte taille (de 50 a 250 nucleotides en moyenne), qui n’avaient jamais ete decouverts jusqu’alors, et dont les genes sont localises dans des regions intergeniques (sRNA) ou en antisens (asRNA) par rapport aux ORF precedemment annotees dans le genome d’Hp. Nos travaux ont egalement permis de mettre en evidence une forte activite de transcription antisens sur l’ensemble du genome de la bacterie, un phenomene deja observe chez E. coli et les eucaryotes. Ainsi, au moins un TSS est localise sur le brin oppose a 46 % des ORF et a 28% des regions « leaders » des precurseurs des ARNr 23S et 16S, et des ARNt. Enfin, l’approche dRNA-seq a permis l’identification de la premiere famille de toxines de type I (AapA) identifiee a ce jour chez Hp. Dans ces conditions normales de culture, la traduction de ces toxines est constitutivement reprimee par des petits ARN antisens (IsoA) qui ciblent les ARNm aapA par complementarite de base. Malgre leur homologie avec des modules toxine-antitoxine identifies chez d’autres bacteries, pour certaines impliquees dans la reponse aux stress, nous n’avons pas encore decouvert les conditions dans lesquelles ces peptides aapA seraient exprimees chez Hp, et leur role biologique reste a elucider." @default.
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