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• W2078210865 abstract "Deux modèles différents sont communément admis pour la structure secondaire du RNA 5S ribosomal, selon qu'il s'agit de molécules d'origine eubactérienne ou eukaryote. Dans le premier cas, le modèle à quatre hélices de Fox et Woese est généralement cité. Dans le second cas, l'existence d'une cinquième hélice est admise. Nous avons construit un nouvel alignement qui comprend toutes les séquences connues provenant d'eukaryotes, d'eubactéries, de chloroplastes, d'archaebactéries et de mitochondries de plantes. Nous pouvons en déduire un modèle unifié pour la structure secondaire de toutes ces molécules. Il contient les cinq hélices du modèle eukaryote, agrandies par des segments dont la présence, bien que postulée dans certains cas, n'était pas considérée comme universelle. Une des hélices se présente comme un équilibre entre deux formes, ce qui semble indiquer une flexibilité dans la structure du RNA 5S. Pour la prédiction de la structure secondaire et le calcul de son énergie d'interaction, nous avons fait appel à un jeu de règles optimisées afin de prédire la structure en trèfle du tRNA. La stabilité du modèle unique pour le RNA 5S est plus grande que celle de presque tous les modèles proposés antérieurement, qu'ils soient applicables à une seule ou à plusieurs séquences. The most commonly accepted secondary structure models for 5S RNA differ for molecules of eubacterial origin, where the four-helix model of Fox and Woese is generally cited, and those of eukaryotic origin, where a fifth helix is assumed to exist. We have carefully aligned all available sequences from eukaryotes, eubacteria, chloroplasts, archaebacteria and plant mitochondria. We could thus derive a unified secondary structure model applicable to all 5S RNA sequences known to-date. It contains the five helices already present in the eukaryotic model, extended by additional segments that were not previously assumed to be universally present. One of the helices can be written in two equilibrium forms, which could reflect the existence of a flexible, dynamic structure. For the derivation of the model and the estimation of the free energies we followed a set of rules optimized to predict the tRNA cloverleaf. The stability of the unified model is higher than that of nearly all previously proposed sequence-specific and general models." @default.
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