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• W2102938415 abstract "Abstract Identification and genetic mapping of loci conferring resistance to polycyclic pathogens such as the rust fungi depends on accurate measurement of disease resistance. We converted an absolute quantification assay of Puccinia coronata DNA to a relative assay by adding a TaqMan® primers/probe set specific to the oat β-actin gene to simplify and improve quantification of fungal infection. The new multiplex assay estimates the amount of fungal DNA in a sample relative to the amount of host DNA and requires fewer and less labour-intensive steps than previous assays. The relative fungal DNA assay (RFDNA) reliably detected and quantified both host and pathogen DNA over five orders of magnitude and was at least as sensitive as either digital image analysis (DLA) or absolute estimation of fungal DNA (AFDNA) in repeated greenhouse studies using 12 oat cultivars with different resistance responses to P. coronata isolate LGCG. Measuring crown rust resistance to LGCG using DLA, AFDNA and RFDNA in a P8669/P94163 recombinant inbred line population produced segregation ratios that did not differ from the 1:1 Mendelian ratio expected for a single gene. Compared to the AFDNA assessment method, the RFDNA assay is equally sensitive, yet faster and much easier to use than the AFDNA method for precise quantification of the crown rust pathogen in oat leaves. The method will be especially useful for streamlining measurement of partial resistance, since uncovering small differences in resistance requires phenotypic evaluation of large populations. Résumé L'identification et la cartographie génétique des locus qui confèrent la résistance aux agents pathogènes polycycliques, tels que les champignons causant la rouille, découlent de l'évaluation précise de la résistance aux maladies. Nous avons converti une analyse par quantification absolue de l'ADN de Puccinia coronataen analyse relative en y ajoutant une amorce et une sonde TaqMan® spécifique du gène β-actine de l'avoine pour simplifier et améliorer la quantification de l'infection fongique. La nouvelle analyse multiplexe permet d'évaluer la quantité d'ADN fongique dans un échantillon équivalant à la quantité d'ADN de l'hôte et requiert moins d'étapes et de main-d'œuvre que les analyses précédentes. L'analyse relative de l'ADN fongique (RFDNA) a permis de détecter et de quantifier précisément l'ADN de l'hôte et de l'agent pathogène sur plus de cinq ordres de grandeur, et était aussi sensible que l'analyse d'image numérique (AIN) ou que l'évaluation absolue de l'ADN fongique (AFDNA) découlant d'études successives effectuées en serre sur 12 cultivars d'avoine qui réagissaient différemment à l'isolat de P. coronata LGCG sur le plan de la résistance. L'évaluation de la résistance à la rouille couronnée, causée par l'isolat LGCG, à l'aide de l'AIN, de l'AFDNA et de l'RFDNA dans une population de lignées recombinantes fixées P8669/P94163 a produit des ratios de ségrégation qui ne différaient pas de la proportion mendélienne 1:1 prévue pour un gène unique. Comparativement, l'analyse RFDNA est aussi sensible quoique plus rapide et beaucoup plus facile à utiliser que l'analyse AFDNA pour ce qui est de quantifier avec précision l'agent pathogène de la rouille couronnée dans les feuilles d'avoine. La méthode s'avérera particulièrement utile pour rationaliser l'évaluation de la résistance partielle étant donné que la découverte de différences minimes quant à la résistance requiert l'évaluation phénotypique de fortes populations. Keywords: crown rustdisease resistancefungal detectiongenetic mappingMots clés: cartographie génétiquedétection fongiquerésistance aux maladiesrouille couronnée Acknowledgements We thank Dr Marty Carson and Gerald Ochocki from the USDA-ARSD Cereal Disease Laboratory (CDL), St. Paul, MN, for providing the isolates used in this study." @default.
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