FRINK Linked Data Fragments server

Matches in SemOpenAlex for { <https://semopenalex.org/work/W2597511377> ?p ?o ?g. }

• W2597511377 abstract "Abstract Breeding program of rubber tree to produce elite clones is hampered by the length of selection cycles. On the other hand, attempts to increase production by extensification of the plantation area is also facing a problem from the availability of the rootstock, causing the occurence of fake clones without any information of their origin. Therefore, the availability of molecular markers to be used as DNA fingerprint of rubber tree clones is needed. This will help the breeder to shorten the length of selection program and to identify the purity of the clone. This research was aimed to evaluate 18 SSR primer pairs that had been published to identify 17 rubber clones. Pure genomic DNAs were isolated from 17 clones, followed by experiment to optimize annealing tempe-rature for each primer to obtain the best amplification product. Initially, the PCR product was run in both the agarose and polyacrylamide gels. However, the analysis of all PCR products were then conducted on SDS polyacrylamide gel, since this gel can separate DNA fragments with only a few bases differences. The results showed that 14 clones have been identified specifically using 11 primers. Four out of 18 primer pairs used could identify 12 rubber tree clones, which are PR 107, PR 261, SP 217, PB 330, PB 340, IRR 5, IRR 112, IRR 118, IRR 220, GT 1, BPM 101 and RRIM 712. Each clone can be distinguished from each other using only one primer pair. Identification of the other tree clones (PB 5/51, PB 260, and RRIC 110) has to be conducted by combining the several PCR products using different primer pairs. Although these results showed that SSR markers had high potential to be used as DNA fingerprint on rubber tree clones, the set of the primer pairs should be tested among other clones, as well as other SSR primers should be tested to identify the clones which could not be identified using the 18 primer pairs in this experiment.Abstrak Pemuliaan tanaman karet untuk menghasilkan klon-klon unggul baru menghadapi masalah lamanya siklus seleksi. Di sisi lain, upaya peningkatan produksi melalui pembukaan lahan baru, juga terkendala oleh ketersediaan bibit, yang memicu beredarnya bibit palsu, yang umumnya tidak jelas asal usulnya. Oleh karena itu, diperlukan ketersediaan marka yang dapat digunakan sebagai sidikjari DNA bagi klon-klon tanaman karet yang ada, sehingga dapat membantu mempercepat proses seleksi dan mengetahui kemurnian bibit. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi 18 primer SSR yang telah dipublikasikan untuk mengidentifikasi 17 klon karet. DNA yang murni diisolasi dari 17 klon, kemudian dilakukan optimasi suhu annealing untuk setiap jenis primer agar diperoleh hasil amplifikasi terbaik. Pada awal percobaan hasil PCR dicek pada gel agarosa dan gel poliakrilamida, namun analisis untuk seluruh hasil PCR dilakukan pada gel SDS poliakrilamid, karena gel ini secara nyata dapat memisahkan fragmen DNA yang hanya berbeda beberapa basa. Hasil percobaan menunjukkan bahwa 14 klon dapat diidentifikasi secara spesifik menggunakan 11 primer. Empat dari 18 pasang primer yang diuji dapat mengidentifikasi 12 klon yang dianalisis, yaitu PR 107, PR 261, SP 217, PB 330, PB 340,. IRR 5, IRR 112, IRR 118, IRR 220, GT 1, BPM 101 dan RRIM 712. Masing-maing klon tersebut dapat dibedakan dari klon lainnya hanya dengan menggunakan satu jenis primer. Sedangkan identifikasi tiga klon lainnya (PB 5/51, PB 260, dan RRIC110) harus dilakukan dengan menggabungkan hasil PCR menggunakan beberapa primer. Meskipun hasil percobaan ini menunjukkan bahwa marka SSR sangat berpotensi untuk digunakan sebagai sidikjari DNA klon-klon karet, namun primer yang sama perlu diuji untuk klon-klon lainnya. Demikian pula primer lain perlu diuji untuk mengidentifikasi klon-klon yang belum teridentifikasi menggunakan 18 primer dalam penelitian ini." @default.
• W2597511377 created "2017-04-07" @default.
• W2597511377 creator A5024618333 @default.
• W2597511377 creator A5047697094 @default.
• W2597511377 creator A5049966277 @default.
• W2597511377 creator A5057802621 @default.
• W2597511377 creator A5084677777 @default.
• W2597511377 date "2016-03-07" @default.
• W2597511377 modified "2023-10-17" @default.
• W2597511377 title "Evaluasi 18 primer SSR untuk pengembangan sidikjari DNA tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) Evaluation of 18 SSR primers to develop DNA fingerprint of rubber tree (Hevea brasiliensis Muell. Arg.)" @default.
• W2597511377 doi "https://doi.org/10.22302/iribb.jur.mp.v82i2.23" @default.
• W2597511377 hasPublicationYear "2016" @default.
• W2597511377 type Work @default.
• W2597511377 sameAs 2597511377 @default.
• W2597511377 citedByCount "0" @default.
• W2597511377 crossrefType "journal-article" @default.
• W2597511377 hasAuthorship W2597511377A5024618333 @default.
• W2597511377 hasAuthorship W2597511377A5047697094 @default.
• W2597511377 hasAuthorship W2597511377A5049966277 @default.
• W2597511377 hasAuthorship W2597511377A5057802621 @default.
• W2597511377 hasAuthorship W2597511377A5084677777 @default.
• W2597511377 hasBestOaLocation W25975113771 @default.
• W2597511377 hasConcept C104317684 @default.
• W2597511377 hasConcept C144027150 @default.
• W2597511377 hasConcept C176933379 @default.
• W2597511377 hasConcept C178790620 @default.
• W2597511377 hasConcept C185592680 @default.
• W2597511377 hasConcept C2777563447 @default.
• W2597511377 hasConcept C2779539549 @default.
• W2597511377 hasConcept C2780034618 @default.
• W2597511377 hasConcept C49105822 @default.
• W2597511377 hasConcept C54355233 @default.
• W2597511377 hasConcept C552990157 @default.
• W2597511377 hasConcept C59822182 @default.
• W2597511377 hasConcept C79386861 @default.
• W2597511377 hasConcept C86803240 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C104317684 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C144027150 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C176933379 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C178790620 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C185592680 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C2777563447 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C2779539549 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C2780034618 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C49105822 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C54355233 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C552990157 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C59822182 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C79386861 @default.
• W2597511377 hasConceptScore W2597511377C86803240 @default.
• W2597511377 hasIssue "2" @default.
• W2597511377 hasLocation W25975113771 @default.
• W2597511377 hasOpenAccess W2597511377 @default.
• W2597511377 hasPrimaryLocation W25975113771 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W1831601530 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W1986016293 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W2021503336 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W2053109958 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W2105916248 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W2119996298 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W2356982213 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W324393748 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W4210580501 @default.
• W2597511377 hasRelatedWork W4312926432 @default.
• W2597511377 hasVolume "82" @default.
• W2597511377 isParatext "false" @default.
• W2597511377 isRetracted "false" @default.
• W2597511377 magId "2597511377" @default.
• W2597511377 workType "article" @default.