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- W2735330835 abstract "Les sites de fixation des facteurs de transcription ou elements regulateurs sont impliques dans la regulation de l'expression des genes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des genomes et les donnees transcriptomiques. Certains elements regulateurs sont conserves a une position preferentielle dans les promoteurs. Chez A. thaliana, nous avons mis au point une approche pour caracteriser de tels motifs. Ce travail a permis de proposer une cartographie des promoteurs en identifiant 5105 motifs caracterises par une sur-representation locale dans les promoteurs proximaux. L'etude du promoteur central ou est observee la boite TATA, element regulateur conserve entre eucaryotes, a ete approfondie. Une liste de 15 variants fonctionnels de la boite TATA a ete identifiee, ainsi qu'une nouvelle classe d'elements regulateurs qui sont caracterises par des memes contraintes topologiques que la boite TATA : les motifs-TC. Ils sont conserves chez A. thaliana et le riz, Oryza sativa, mais absents chez les mammiferes. Les 18% de genes d'A. thaliana contenant un motif-TC ont tendance a etre exprimes dans des conditions experimentales specifiques. Ces elements pourraient participer a la regulation de l'expression des genes. L'etude de l'element initiateur YR chez A. thaliana a mis en evidence une extension de ces 4 dinucleotides dans l'UTR 5'. Des associations entre ces elements regulateurs peuvent montrer une collaboration fonctionnelle. La recherche de caracteristiques fonctionnelles communes aux genes possedant une meme organisation d'elements regulateurs pourra permettre de contribuer a l'annotation fonctionnelle de ces elements." @default.
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