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- W2778383391 abstract "La bio-informatique est essentielle aujourd'hui dans de nombreux domaines comme par exemple la gestion et l'analyse des donnees, la genomique avec l'assemblage et l'annotation de genomes, la phylogenie, la metagenomique, la recherche de nouvelles especes bacteriennes et la classification taxonomique. Mon premier travail a porte sur l'assemblage et l'analyse d'un genome bacterien a partir de donnees de metagenomique. Le genome de Akkermansia muciniphila a pu etre assemble par mapping directement a partir de donnees issues d'echantillons de selle humaine. En 2012, la culturomics a permis de decrire le plus grand genome d'une bacterie isolee chez l'homme ; Microvirga massiliensis (9.3 Mb). Mon deuxieme travail a permis d'assembler ce genome. Par la suite, nous avons essaye de comprendre pourquoi cette bacterie a un genome si grand. En effet, on observe qu'elle possede un plasmide, un nombre important d'ORFans et d'ARNr 16S ainsi que des genes de grande taille. Elle comporte egalement un nombre important de transposons. Enfin, la troisieme et derniere partie de mon travail se base sur les analyses de pan-genome pour la taxonomie bacterienne. La taxonomie est sujette a de nombreux changements selon les donnees disponibles et les methodes utilisees, et suit l'evolution des techniques d'identification des bacteries. Nous avons alors redefinit la notion d'espece a l'aide du pan-genome pour le genre Klebsiella. En effet, une difference trop importante entrainant une cassure au niveau du ratio core/pan-genome, revele l'apparition d'une nouvelle espece. Cette decouverte nous amene a utiliser le pan-genome comme outils novateur pour la taxonomie bacterienne." @default.
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