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• W2786707860 abstract "Die vorliegende Arbeit beschaftigt sich mit der in-silico-Analyse von antikorper- kodierenden DNA- Sequenzen. Zum einen wurde ein automatischer V-Gen-Analyse- Prozess entwickelt, mit dem die Datenbank VBASE2 erzeugt wird. Zum anderen wurde mit Unterstutzung der automatischen V-Gen-Analyse und weiteren bioinformatischen Methoden die genomische Sequenz des Immunglobulin-Schwerekettenlocus (IgH- Locus) des Mausstammes 129/Sv untersucht und annotiert. Der Prozess zur automatischen V-Gen-Analyse fuhrt eine systematische Sortierung und Klassifizierung der V-Gen-Sequenzen der EMBL-Bank durch. Die durch den Prozess generierte Datenbank VBASE2 ist eine integrative Keimbahn-V-Gen-Datenbank, deren Eintrage Verweise auf die EMBL-Bank, andere immunologische Datenbanken und auf Ensembl enthalten. Uber den Ensembl DAS Server konnen VBASE2-V-Gene im Ensem- bl Genombrowser dargestellt werden. Die V-Gen-Eintrage von VBASE2 sind in Klassen unterschiedlicher Qualitat eingeteilt, die die Zuverlassigkeit der jeweiligen Sequenz widerspiegeln. Der aktuelle Datensatz von VBASE2 beinhaltet 1129 Keimbahn-V-Gene, -Pseudogene, V-Gen-Relikte und Orphans der Immunglobulinloci von Mensch und Maus. Auf der Grundlage des VBASE2-Generierungsprozesses wurde ein Modul fur die Proteindatenbank UniProtKB/TrEMBL entwickelt, das den Eingang von Immunglobu- linsequenzen in diese automatisch erzeugte Datenbank kontrolliert. Weiterhin wurde der Prozess fur die Annotation der V-Segmente des IgH-Locus des Mausstammes 129/Sv genutzt. Der in der vorliegenden Arbeit untersuchte Teil des IgH-Locus umfasst mit 1,4 Mb die konstante Region, D-Region, J-Region und etwa ein Drittel der variablen Region. Durch die Annotation dieser Sequenz konnten neue V- und D-Segmente be- schrieben werden. Vier V-Gen-Relikte und ein funktionelles V-Gen der Vh7183- und der VhQ52-Familie liegen jeweils als exakte Duplikationen vor. Sequenzvergleiche der D- Region von 129/Sv zeigen deutliche Unterschiede sowohl zum Igha- (Stamm BALB/c) als auch zum Ighb- (Stamm C57BL/6) Haplotyp. Eine Untersuchung der repetitiven Elemente im IgH-Locus von 129/Sv ergab unter anderem einen ungewohnlich hohen Anteil an LINE1-Elementen. Die hier beschriebene Charakterisierung des IgH-Locus der 129/Sv-Maus setzt die am Mausstamm C57BL/6 begonnene Arbeit fort und tragt zur Aufklarung dieses komplexen Locus im Modellorganismus Maus bei." @default.
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