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• W2805478840 abstract "Introduction La recherche par PCR de pathogenes a l’origine de diarrhees infectieuses est maintenant bien evaluee et reconnue pour ses atouts (sensibilite, delai de rendu et gain de temps technique). Etant l’un des premiers centres en France a avoir utilise cette methode, notre objectif etait de partager notre experience en rapportant retrospectivement nos resultats sur 3 ans. Materiels et methodes Depuis 2014, nous avons remplace la coproculture par une PCR multiplexe « bacteries » ciblant C. jejuni/coli/lari, Salmonella spp, Shigella spp, E. coli verotoxinogene/entero-invasif, Y. enterocolitica et C. difficile. En cas de PCR positive, la selle est ensemencee en bacteriologie pour identification d’espece et antibiogramme (sauf pour C. difficile, non cultive en routine). Sur demande, une PCR multiplexe « virus » ciblant adenovirus, rotavirus, norovirus GI et GII, sapovirus et astrovirus est realisee. Resultats De janvier 2015 a decembre 2017, 4104 PCR « bacteries » ont ete realisees et 503 diarrhees bacteriennes diagnostiquees dont 2,8 % polybacteriennes (n = 14). Campylobacter etait retrouve dans 29,2 % des cas (n = 147), Salmonella dans 23,1 % (n = 116), Shigella dans 5,0 % (n = 25) et, faits notables, C. difficile dans 34,6 % (n = 174) et E. coli verotoxinogene ou entero-invasif dans 4,2 % (n = 23). C. difficile exclu, des antibiogrammes ont pu etre obtenus pour 44,7 % des PCR positives (n = 147), dans 71,6 % des salmonelloses (n = 83), 36,1 % des campylobacterioses (n = 53) et 16,0 % des shigelloses (n = 4). Sur la meme periode, 607 PCR « virus » ont ete realisees et 186 diarrhees virales diagnostiquees dont 13,4 % polyvirales (n = 25). L’adenovirus etait retrouve dans 47,3 % des cas (n = 88) et le rotavirus dans 41,9 % (n = 78). Fait notable, 24,2 % des PCR positives l’etaient pour un autre virus du panel (n = 44), dont 18,3 % a norovirus (n = 34). Conclusion L’utilisation de la PCR nous a permis un gain de temps technique et un rendu rapide du resultat allant de quelques heures a J + 3, offrant ainsi la possibilite d’une adaptation precoce du traitement probabiliste. La PCR multiplexe « bacteries » permet par ailleurs la detection parfois fortuite de C. difficile ou de E. coli pathogenes non identifiables par les techniques classiques. Sa principale limite reste que certains germes plus rarement impliques ne sont pas recherches (K. oxytoca, Vibrio spp). Enfin, l’antibiogramme n’est parfois pas obtenu, ceci etant possiblement lie a la sensibilite inferieure de la culture et a l’ensemencement plus tardif des selles. La PCR multiplexe « virus » permet quant a elle d’identifier une etiologie virale non liee aux virus usuellement recherches (rotavirus et adenovirus) dans pres d’un quart des cas." @default.
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