Matches in SemOpenAlex for { <https://semopenalex.org/work/W2996796392> ?p ?o ?g. }
- W2996796392 abstract "Abstract Detection and quantification of circular RNAs (circRNAs) face several significant challenges, including high false discovery rate, uneven rRNA depletion and RNase R treatment efficiency, and underestimation of back-spliced junction reads. Here, we propose a novel algorithm, CIRIquant, for accurate circRNA quantification and differential expression analysis. By constructing pseudo-circular reference for re-alignment of RNA-seq reads and employing sophisticated statistical models to correct RNase R treatment biases, CIRIquant can provide more accurate expression values for circRNAs with significantly reduced false discovery rate. We further develop a one-stop differential expression analysis pipeline implementing two independent measures, which helps unveil the regulation of competitive splicing between circRNAs and their linear counterparts. We apply CIRIquant to RNA-seq datasets of hepatocellular carcinoma, and characterize two important groups of linear-circular switching and circular transcript usage switching events, which demonstrate the promising ability to explore extensive transcriptomic changes in liver tumorigenesis." @default.
- W2996796392 created "2020-01-10" @default.
- W2996796392 creator A5029037465 @default.
- W2996796392 creator A5037011931 @default.
- W2996796392 creator A5050543532 @default.
- W2996796392 creator A5087698339 @default.
- W2996796392 date "2020-01-03" @default.
- W2996796392 modified "2023-10-15" @default.
- W2996796392 title "Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events" @default.
- W2996796392 cites W1566841623 @default.
- W2996796392 cites W1966557314 @default.
- W2996796392 cites W1981726010 @default.
- W2996796392 cites W1986884782 @default.
- W2996796392 cites W1991082489 @default.
- W2996796392 cites W2019230794 @default.
- W2996796392 cites W2028185407 @default.
- W2996796392 cites W2054891772 @default.
- W2996796392 cites W2055493067 @default.
- W2996796392 cites W2058835062 @default.
- W2996796392 cites W2065128082 @default.
- W2996796392 cites W2102278945 @default.
- W2996796392 cites W2104005232 @default.
- W2996796392 cites W2107018762 @default.
- W2996796392 cites W2114104545 @default.
- W2996796392 cites W2126958666 @default.
- W2996796392 cites W2147625377 @default.
- W2996796392 cites W2147806662 @default.
- W2996796392 cites W2155804510 @default.
- W2996796392 cites W2155839154 @default.
- W2996796392 cites W2159730169 @default.
- W2996796392 cites W2179438025 @default.
- W2996796392 cites W2185619276 @default.
- W2996796392 cites W2194134194 @default.
- W2996796392 cites W2196247406 @default.
- W2996796392 cites W2259938310 @default.
- W2996796392 cites W2266356262 @default.
- W2996796392 cites W2339375796 @default.
- W2996796392 cites W2464424326 @default.
- W2996796392 cites W2473991067 @default.
- W2996796392 cites W2510875395 @default.
- W2996796392 cites W2527824902 @default.
- W2996796392 cites W2530379120 @default.
- W2996796392 cites W2544924996 @default.
- W2996796392 cites W2583735774 @default.
- W2996796392 cites W2588585220 @default.
- W2996796392 cites W2589000475 @default.
- W2996796392 cites W2592207155 @default.
- W2996796392 cites W2592988313 @default.
- W2996796392 cites W2599812844 @default.
- W2996796392 cites W2600581473 @default.
- W2996796392 cites W2601436215 @default.
- W2996796392 cites W2782794356 @default.
- W2996796392 cites W2789403589 @default.
- W2996796392 cites W2791184452 @default.
- W2996796392 cites W2909481667 @default.
- W2996796392 cites W2925033480 @default.
- W2996796392 doi "https://doi.org/10.1038/s41467-019-13840-9" @default.
- W2996796392 hasPubMedCentralId "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/6941955" @default.
- W2996796392 hasPubMedId "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31900416" @default.
- W2996796392 hasPublicationYear "2020" @default.
- W2996796392 type Work @default.
- W2996796392 sameAs 2996796392 @default.
- W2996796392 citedByCount "120" @default.
- W2996796392 countsByYear W29967963922020 @default.
- W2996796392 countsByYear W29967963922021 @default.
- W2996796392 countsByYear W29967963922022 @default.
- W2996796392 countsByYear W29967963922023 @default.
- W2996796392 crossrefType "journal-article" @default.
- W2996796392 hasAuthorship W2996796392A5029037465 @default.
- W2996796392 hasAuthorship W2996796392A5037011931 @default.
- W2996796392 hasAuthorship W2996796392A5050543532 @default.
- W2996796392 hasAuthorship W2996796392A5087698339 @default.
- W2996796392 hasBestOaLocation W29967963921 @default.
- W2996796392 hasConcept C104317684 @default.
- W2996796392 hasConcept C107397762 @default.
- W2996796392 hasConcept C10879258 @default.
- W2996796392 hasConcept C150194340 @default.
- W2996796392 hasConcept C162317418 @default.
- W2996796392 hasConcept C193244246 @default.
- W2996796392 hasConcept C194583182 @default.
- W2996796392 hasConcept C199360897 @default.
- W2996796392 hasConcept C2775893923 @default.
- W2996796392 hasConcept C41008148 @default.
- W2996796392 hasConcept C43521106 @default.
- W2996796392 hasConcept C53345823 @default.
- W2996796392 hasConcept C54355233 @default.
- W2996796392 hasConcept C54458228 @default.
- W2996796392 hasConcept C67705224 @default.
- W2996796392 hasConcept C69766542 @default.
- W2996796392 hasConcept C70721500 @default.
- W2996796392 hasConcept C86803240 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C104317684 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C107397762 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C10879258 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C150194340 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C162317418 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C193244246 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C194583182 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C199360897 @default.
- W2996796392 hasConceptScore W2996796392C2775893923 @default.