FRINK Linked Data Fragments server

Matches in SemOpenAlex for { <https://semopenalex.org/work/W3137014264> ?p ?o ?g. }

• W3137014264 abstract "In eukaryotes, trans-splicing is a process of nuclear pre-mRNA maturation where two different RNA molecules are joined together by the spliceosomal machinery utilizing mechanisms similar to cis-splicing. In diverse taxa of lower eukaryotes, spliced leader (SL) trans-splicing is the most frequent type of trans-splicing, when the same sequence derived from short small nuclear RNA molecules, called SL RNAs, is attached to the 5' ends of different non-processed pre-mRNAs. One of the functions of SL trans-splicing is processing polycistronic pre-mRNA molecules transcribed from operons, when several genes are transcribed as one pre-mRNA molecule. However, only a fraction of trans-spliced genes reside in operons, suggesting that SL trans-splicing must also have some other, less understood functions. Regenerative flatworms are informative model organisms which hold the keys to understand the mechanism of stem cell regulation and specialization during regeneration and homeostasis. Their ability to regenerate is fueled by the division and differentiation of the adult somatic stem cell population called neoblasts. Macrostomum lignano is a flatworm model organism where substantial technological advances have been achieved in recent years, including the development of transgenesis. Although a large fraction of genes in M. lignano were estimated to be SL trans-spliced, SL trans-splicing was not studied in detail in M. lignano before. Here, we performed the first comprehensive study of SL trans-splicing in M. lignano. By reanalyzing the existing genome and transcriptome data of M. lignano, we estimate that 30 % of its genes are SL trans-spliced, 15 % are organized in operons, and almost 40 % are both SL trans-spliced and in operons. We annotated and characterized the sequence of SL RNA and characterized conserved cis- and SL transsplicing motifs. Finally, we found that a majority of SL trans-spliced genes are evolutionarily conserved and significantly over-represented in neoblast-specific genes. Our findings suggest an important role of SL trans-splicing in the regulation and maintenance of neoblasts in M. lignano.Транс-сплайсинг у эукариот – это процесс созревания ядерных пре-мРНК, когда две различные молекулы РНК соединяются с помощью структур сплайсосомы по механизму, схожему с цис-сплайсингом. У различных таксонов низших эукариот наиболее распространенный тип транс-сплайсинга – сплайс-лидерный (СЛ) транс-сплайсинг, при котором одинаковая последовательность, происходящая от коротких малых ядерных РНК молекул, называемых СЛ РНК, присоединяется к 5’-концам различных непроцессированных пре-мРНК. Одна из функций СЛ транс-сплайсинга состоит в процессировании полицистронных молекул пре-мРНК, транскрибируемых с оперонов, когда транскрипция нескольких генов осуществляется как одна молекула пре-мРНК. Однако лишь часть генов, подвергающихся транс-сплайсингу, содержится в оперонах, что говорит о том, что у СЛ транссплайсинга должны быть и другие, менее изученные, функции. Регенерирующие плоские черви являются информативными модельными организмами, хранящими ключи к пониманию механизмов регуляции стволовых клеток и их дифференцировки во время регенерации и при гомеостазе. Их способность к регенерации – следствие деления и дифференцировки соматических стволовых клеток, называемых необластами, которые присутствуют у взрослых особей. Macrostomum lignano – модельный плоский червь, в исследованиях на котором в последние годы достигнут существенный технологический прогресс, включая разработку метода трансгенеза. Сплайс-лидерный транс-сплайсинг ранее не был детально изучен у M. lignano, хотя известно, что значительная часть генов M. lignano подвергается этому типу транс-сплайсинга. В настоящей работе мы осуществили первое обширное исследование СЛ транс-сплайсинга у M. lignano. Повторно проанализировав геномные и транскриптомные данные M. lignano, мы оцениваем, что 30 % его генов подвергаются СЛ транс-сплайсингу, 15 % расположены в оперонах, а почти 40 % находятся в оперонах и проходят через СЛ транс-сплайсинг. Мы провели аннотацию и охарактеризовали последовательность СЛ РНК и консервативных мотивов цис- и транс-сплайсинга. Обнаружено, что большинство генов, подвергающихся СЛ транс-сплайсингу, эволюционно консервативны и значительно перепредставлены в генах, специфичных для необластов. Наши результаты предполагают важную роль СЛ транс-сплайсинга в регуляции функционирования необластов у M. lignano." @default.
• W3137014264 created "2021-03-29" @default.
• W3137014264 creator A5008179774 @default.
• W3137014264 creator A5055736954 @default.
• W3137014264 date "2021-03-16" @default.
• W3137014264 modified "2023-09-30" @default.
• W3137014264 title "Computational analysis of spliced leader trans-splicing in the regenerative flatworm <i>Macrostomum lignano</i> reveals its prevalence in conserved and stem cell related genes" @default.
• W3137014264 cites W1604691899 @default.
• W3137014264 cites W1989648583 @default.
• W3137014264 cites W2019854397 @default.
• W3137014264 cites W2081610495 @default.
• W3137014264 cites W2106433796 @default.
• W3137014264 hasPubMedId "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34901707" @default.
• W3137014264 hasPublicationYear "2021" @default.
• W3137014264 type Work @default.
• W3137014264 sameAs 3137014264 @default.
• W3137014264 citedByCount "2" @default.
• W3137014264 countsByYear W31370142642022 @default.
• W3137014264 countsByYear W31370142642023 @default.
• W3137014264 crossrefType "journal-article" @default.
• W3137014264 hasAuthorship W3137014264A5008179774 @default.
• W3137014264 hasAuthorship W3137014264A5055736954 @default.
• W3137014264 hasBestOaLocation W31370142641 @default.
• W3137014264 hasConcept C104317684 @default.
• W3137014264 hasConcept C105580179 @default.
• W3137014264 hasConcept C150194340 @default.
• W3137014264 hasConcept C162317418 @default.
• W3137014264 hasConcept C18903297 @default.
• W3137014264 hasConcept C194583182 @default.
• W3137014264 hasConcept C2781355164 @default.
• W3137014264 hasConcept C47124935 @default.
• W3137014264 hasConcept C54355233 @default.
• W3137014264 hasConcept C54458228 @default.
• W3137014264 hasConcept C67705224 @default.
• W3137014264 hasConcept C78458016 @default.
• W3137014264 hasConcept C86803240 @default.
• W3137014264 hasConcept C95444343 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C104317684 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C105580179 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C150194340 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C162317418 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C18903297 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C194583182 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C2781355164 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C47124935 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C54355233 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C54458228 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C67705224 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C78458016 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C86803240 @default.
• W3137014264 hasConceptScore W3137014264C95444343 @default.
• W3137014264 hasLocation W31370142641 @default.
• W3137014264 hasLocation W31370142642 @default.
• W3137014264 hasOpenAccess W3137014264 @default.
• W3137014264 hasPrimaryLocation W31370142641 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W17970071 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W20456437 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W2073732 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W33125175 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W35798962 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W36446907 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W38505121 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W40611030 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W40705626 @default.
• W3137014264 hasRelatedWork W5914787 @default.
• W3137014264 isParatext "false" @default.
• W3137014264 isRetracted "false" @default.
• W3137014264 magId "3137014264" @default.
• W3137014264 workType "article" @default.