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• W415863668 abstract "Le modele etudie est l’agent phytopathogene vasculaire Ralstonia solanacearum, en portant une attention particuliere aux souches de phylotype II. Cette bacterie d’origine tellurique est tres diversifiee, tant au plan genetique que phenotypique. Sa classification en constante evolution temoigne d’une volonte de clarifier cette biodiversite inhabituellement forte, tout en cherchant a reconnaitre les ecotypes structurant ce complexe d’especes, i.e., des groupes de souches partageant a la fois des traits genotypiques et biologiques specifiques. Dans le cadre de ce pathosysteme modele, nous nous sommes attaches dans un premier temps a revisiter de facon precise les pathotypes au sein d’ecotypes bien decrits dans la litterature, ou a en faire la description (phylotype III africain). Nous avons observe une forte convergence phenotypique entre les souches de phylotype III des hauts plateaux africains et les souches Brown rot de phylotype IIB-1, capables de fletrir la pomme de terre et d’autres Solanacees a temperature froide. L’adaptation de souches aussi diverses pour la tolerance au froid nous a conduits a dresser un bilan de la situation R. solanacearum en Europe et in extenso dans le bassin mediterraneen. Cette approche a permis d’apprecier les degres de divergence significative dans le pouvoir pathogene (virulence et agressivite) sur Solanaceae au sein de souches quasi clonales unifiant l’ecotype Brown rot, qui s’etablissent aussi sous forme d’infections latentes dans les tissus vasculaires de bananiers (Musacees). Dans le meme temps, le phenotype de souches pathogenes du bananier, unifiant l’ecotype Moko, a aussi ete revisite sur Solanaceae qu’elles parviennent a fletrir, y compris des ressources genetiques resistantes au fletrissement bacterien. L’ensemble de ces donnees experimentales a permis de degager les criteres de selection pour le choix de trois nouvelles souches du complexe d’especes R. solanacearum, dont nous avons obtenu les sequences genomiques. Notre approche en genomique comparative a permis de decrire le premier pangenome chez cet agent pathogene : l’ensemble les genes reperes de l’espece. Ces donnees ont ete exploitees par differentes approches bio-informatiques et permettent de concevoir une refonte pertinente du complexe d’especes R. solanacearum en trois nouvelles especes genomiques, regroupant les souches de phylotypes I (Asie) et III (Afrique) d’une part, puis les souches de phylotype II (Amerique), et enfin les souches de phylotype IV (Indonesie) d’autre part. Ce pangenome a ensuite ete exploite en concevant et developpant une puce a ADN, un outil permettant l’exploration a haut debit d’une grande quantite de souches. La densite des donnees experimentales accumulees permet une demarche vers l’ecologie moleculaire et de reconstituer certains pans du passe evolutif des souches de phylotype II chez R. solanacearum. Par ailleurs, l’analyse approfondie de ces donnees de genomique, associant phylogeographie et structuration des populations de l’ecotype Brown rot, montre une double situation epidemiologique en Europe, recoupant des influences andines et africaines. De la meme facon, l’ecotype Moko presente trois structures genetiques distinctes. Ces donnees ont ete analysees de maniere a retracer les principaux flux de genes dans les etats ancestraux des phylotypes et de degager la forte contribution de la partie mobile du genome, des genes relatifs a l’adaptation environnementale et a la pathogenie, comme moteurs dans l’evolution de cet important organisme phytopathogene." @default.
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