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• W4224985792 abstract "Les applications du séquençage haut débit (NGS) en santé se sont récemment démocratisées, d’abord en recherche puis en microbiologie clinique. L’utilisation du NGS a surtout des applications en bactériologie et mycologie, principalement basées sur les marqueurs phylogénétiques documentés (régions hypervariables du 16S, 18S, ou 28S) permettant, par métataxonomie, de décrire les variations physiopathologiques des microbiotes. En métagénomique non ciblée, la comparaison des données de séquençage de génomes complets à des banques de données internationales permet de détecter une antibiorésistance génomique, souvent corrélée au phénotype de résistance. De même, différentes stratégies d’étude des facteurs de virulence ont été développées pour comparer les génomes des souches isolées en clinique à des souches de référence et ainsi analyser les îlots génomiques. Le NGS a aussi montré son efficacité à déterminer une chaîne de transmission interindividuelle, afin de remonter au patient source ou d’améliorer la prise en charge collective. L'approche métagénomique a permis de rechercher l'agent étiologique d'une infection. Malgré la prise en compte par des structures comme le Comité français d'accréditation, l’absence de standardisation limite le développement en routine de ces approches, en particulier du fait des besoins en bioinformatique. The applications of next-generation sequencing (NGS) in health have recently become more widespread, at first in research studies and then in clinical microbiology. The use of NGS has mainly been developed in bacteriology and mycology, especially based on phylogenetic markers (hypervariable regions of rDNA 16S, 18S, or 28S) which allow by metataxonomy, to describe the physiopathological variations of microbiota. By non-targeted metagenomics approaches, the comparison of whole genome NGS data to international databases allows the detection of genomic antimicrobial resistance which is often correlated with the resistance phenotype. Similarly, different strategies to study virulence factors have been developed to compare the genomes of clinical isolates to reference strains and thus to analyze genomic islands. NGS has also shown its efficiency in determining an inter-individual transmission cluster, to identify the source patient or to improve collective management, to search for the etiological agent of an infection. Even though structures such as the Cofrac have taken NGS into account, the lack of standardization limits the routine development of these approaches, due to the need for bioinformatics." @default.
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