FRINK Linked Data Fragments server

Matches in SemOpenAlex for { <https://semopenalex.org/work/W4307274167> ?p ?o ?g. }

• W4307274167 abstract "Phase separation of intrinsically disordered proteins (IDPs) is a phenomenon associated with many essential cellular processes, but a robust method to compute the binodal from molecular dynamics simulations of IDPs modeled at the all-atom level in explicit solvent is still elusive, due to the difficulty in preparing a suitable initial dense configuration and in achieving phase equilibration. Here we present SpiDec as such a method, based on spontaneous phase separation via spinodal decomposition that produces a dense slab when the system is initiated at a homogeneous, low density. After illustrating the method on four model systems, we apply SpiDec to a tetrapeptide modeled at the all-atom level and solvated in TIP3P water. The concentrations in the dense and dilute phases agree qualitatively with experimental results and point to binodals as a sensitive property for force-field parameterization. SpiDec may prove useful for the accurate determination of the phase equilibrium of IDPs." @default.
• W4307274167 created "2022-10-31" @default.
• W4307274167 creator A5073951064 @default.
• W4307274167 creator A5085752407 @default.
• W4307274167 creator A5086393051 @default.
• W4307274167 date "2022-10-24" @default.
• W4307274167 modified "2023-10-14" @default.
• W4307274167 title "SpiDec: Computing binodals and interfacial tension of biomolecular condensates from simulations of spinodal decomposition" @default.
• W4307274167 cites W1845618662 @default.
• W4307274167 cites W1976499671 @default.
• W4307274167 cites W1986234106 @default.
• W4307274167 cites W2001047437 @default.
• W4307274167 cites W2004291098 @default.
• W4307274167 cites W2021520922 @default.
• W4307274167 cites W2035266068 @default.
• W4307274167 cites W2035606758 @default.
• W4307274167 cites W2035687084 @default.
• W4307274167 cites W2048621586 @default.
• W4307274167 cites W2051436893 @default.
• W4307274167 cites W2106140689 @default.
• W4307274167 cites W2147993766 @default.
• W4307274167 cites W2313116527 @default.
• W4307274167 cites W2465981986 @default.
• W4307274167 cites W2567010619 @default.
• W4307274167 cites W2784384705 @default.
• W4307274167 cites W2795682970 @default.
• W4307274167 cites W2902026154 @default.
• W4307274167 cites W2921365922 @default.
• W4307274167 cites W2951339840 @default.
• W4307274167 cites W2972989379 @default.
• W4307274167 cites W3035871125 @default.
• W4307274167 cites W3101866624 @default.
• W4307274167 cites W3102696908 @default.
• W4307274167 cites W3103270298 @default.
• W4307274167 cites W3112091782 @default.
• W4307274167 cites W3156902300 @default.
• W4307274167 cites W3200309167 @default.
• W4307274167 cites W3201009248 @default.
• W4307274167 cites W3205791798 @default.
• W4307274167 cites W3207640239 @default.
• W4307274167 cites W4220921879 @default.
• W4307274167 cites W4226061820 @default.
• W4307274167 cites W4244584041 @default.
• W4307274167 cites W4304891270 @default.
• W4307274167 doi "https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.1021939" @default.
• W4307274167 hasPubMedId "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36353733" @default.
• W4307274167 hasPublicationYear "2022" @default.
• W4307274167 type Work @default.
• W4307274167 citedByCount "1" @default.
• W4307274167 countsByYear W43072741672023 @default.
• W4307274167 crossrefType "journal-article" @default.
• W4307274167 hasAuthorship W4307274167A5073951064 @default.
• W4307274167 hasAuthorship W4307274167A5085752407 @default.
• W4307274167 hasAuthorship W4307274167A5086393051 @default.
• W4307274167 hasBestOaLocation W43072741671 @default.
• W4307274167 hasConcept C119094556 @default.
• W4307274167 hasConcept C121332964 @default.
• W4307274167 hasConcept C121864883 @default.
• W4307274167 hasConcept C124681953 @default.
• W4307274167 hasConcept C147597530 @default.
• W4307274167 hasConcept C159467904 @default.
• W4307274167 hasConcept C178790620 @default.
• W4307274167 hasConcept C185592680 @default.
• W4307274167 hasConcept C192562407 @default.
• W4307274167 hasConcept C2778815515 @default.
• W4307274167 hasConcept C29234059 @default.
• W4307274167 hasConcept C44280652 @default.
• W4307274167 hasConcept C55493867 @default.
• W4307274167 hasConcept C59593255 @default.
• W4307274167 hasConcept C85272257 @default.
• W4307274167 hasConcept C85906118 @default.
• W4307274167 hasConcept C97355855 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C119094556 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C121332964 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C121864883 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C124681953 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C147597530 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C159467904 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C178790620 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C185592680 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C192562407 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C2778815515 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C29234059 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C44280652 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C55493867 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C59593255 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C85272257 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C85906118 @default.
• W4307274167 hasConceptScore W4307274167C97355855 @default.
• W4307274167 hasFunder F4320332161 @default.
• W4307274167 hasLocation W43072741671 @default.
• W4307274167 hasLocation W43072741672 @default.
• W4307274167 hasLocation W43072741673 @default.
• W4307274167 hasLocation W43072741674 @default.
• W4307274167 hasLocation W43072741675 @default.
• W4307274167 hasOpenAccess W4307274167 @default.
• W4307274167 hasPrimaryLocation W43072741671 @default.
• W4307274167 hasRelatedWork W1967444227 @default.
• W4307274167 hasRelatedWork W1968933519 @default.
• W4307274167 hasRelatedWork W1985267718 @default.

• next