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• W77487672 abstract "La canne a sucre (Saccharum spp.) est une graminee saccharifere couvrant 70% de la production mondiale de sucre et 20% de la production mondiale d'ethanol. Les varietes modernes possedent une structure genetique complexe, aneuploide, hautement polyploide et d'origine bispecifique. Des etudes recentes ont permis de mettre en evidence un desequilibre de liaison important favorable a la realisation d'etudes d'associations pan-genomiques. La feuille jaune de la canne a sucre est une maladie virale emergeante dont l'agent causal est le Sugarcane yellow leaf virus (Polerovirus, famille des Luteovirideae). Huit genotypes viraux ont ete decrits a ce jour: BRA, CHN 1, CHN 2, CUB, HAW, IND, PER et REU. Seuls trois d'entre eux, differenciables par RT-PCR, sont presents en Guadeloupe: BRA-PER, CUB et REU. Le support genetique de la resistance de la canne a sucre a la feuille jaune est encore mal connu tout comme l'impact de la diversite du pathogene sur la resistance de l'hote. Les objectifs de l'etude sont d'evaluer : 1/ la possibilite de marquer la resistance de la canne a sucre au SCYLV, 2/ l'impact de la diversite de l'agent pathogene sur la resistance de la canne a sucre a la maladie. Les etudes d'association, decrites ici, ont ete effectuees sur un panel diversifie de 189 varietes de canne a sucre, experimente dans deux essais successifs (2005 et 2007) dans un dispositif en trois blocs complets, randomises. Ces essais ont ete suivis pendant trois ans. Pour optimiser l'etude quatre caracteristiques phenotypiques ont ete evaluees : l'incidence et la densite virale de la maladie dans les feuilles et dans les tiges des varietes etudiees. Ces donnees ont ete associees a plus de 4000 marqueurs AFLP et DArT a l'aide du logiciel Tassel (V3.0) en utilisant le modele lineaire generalise (GLM) et le modele lineaire mixte (MLM). Cette etude d'association m'a permis d'identifier six marqueurs significatifs associes a la resistance au SCYLV. Les phenotypages obtenus a l'aide des echantillons de feuilles ont permis d'identifier les six marqueurs. En revanche, a partir des echantillons de tiges, seuls trois des six marqueurs sont significatifs. De plus, quatre des six marqueurs sont plus ou moins lies aux interactions genotype x environnement existant entre les deux essais. Parmi les 189 varietes de canne a sucre, 40 varietes representant la diversite des phenotypes observes ont ete utilisees pour etudier l'incidence du SCYLV et des genotypes. Ces mesures ont ete effectuees sur deux cycles de culture du 2eme essai. A partir de ces varietes dix croisements biparentaux ont donne suffisamment de descendants pour realiser deux essais successifs. Ces descendances ont ete analysees en premiere repousse quant a leur infection naturelle par le SCYLV et les differents genotypes. L'heritabilite au sens strict (h²) de cette resistance a ete determinee par regression de la valeur des geniteurs sur la valeur des descendances. Les genotypes viraux presents dans ces 40 varietes ont permis de conclure que le spectre de varietes infectees par le genotype CUB englobe ceux des genotypes BRA-PER et REU. De plus, le genotype CUB est responsable pour 87% de la variation de l'incidence observee dans l'essai. L'heritabilite (h²) de la resistance obtenue pour le parametre de l'incidence du SCYLV est de 0,35 (P=0,012). En ce qui concerne l'incidence des genotypes viraux, nous avons obtenu une heritabilite de 0,36 pour CUB (P=0,005), 0,28 pour REU (P=0,062) et 0,25 pour BRA-PER. (P = 0,008). Le caractere de resistance au SCYLV semble etre herite du geniteur mâle, le geniteur femelle n'ayant pas d'impact significatif sur la valeur des descendances. Ces travaux m'ont permis d'identifier des marqueurs de resistance au SCYLV ou du moins a certains genotypes de ce virus. De plus, la resistance de la plante aux differents genotypes viraux presents est en partie transmise aux descendances. Cette etude montre qu'il est donc envisageable de realiser la creation varietale assistee par" @default.
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