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- W780650167 abstract "Les proteines sont des molecules flexibles, qui accomplissent une variete de tâches cellulaires a travers des mouvements mecaniques et des changements conformationnels encodes dans leur structure tridimensionnelle. Parmi les approches theoriques qui contribuent a une meilleure comprehension de la relation entre structure, mecanique, dynamique et fonction des proteines, les modeles gros-grains sont un outil tres puissant. Ils permettent d’integrer des informations structurales et dynamiques a un cout computationnel reduit, car le traitement explicite des degres de liberte moins importants est supprime. Dans le cadre de cette these, des etudes comparatives rapides de la flexibilite et de la mecanique des proteines ont ete menees en se servant du simple modele gros-grains de Reseau Elastique. La dependance des resultats de la conformation de depart, ainsi que une liberte dynamique de la chaine principale plutot limitee, imposee par l’approximation harmonique, nous ont motive a developper une nouvelle approche, permettant une exploration plus extensive de l’espace conformationnel. Les efforts ont conduit a PaLaCe, modele gros-grains qui permet des changements majeurs de la structure secondaire, tout en gardant la specificite de la sequence des acides amines grâce a une representation a basse resolution. En utilisant PaLaCe nous avons simule deux processus impliquant la plasticite proteique: le depliement du domaine I27 de la proteine musculaire titine et la dynamique a l’equilibre autour de la structure native de deux enzymes homologues adaptees a des temperatures differentes. Les resultats obtenus concordent avec les donnees experimentales et les resultats issus de modeles tout-atom deja publies. PaLaCe s’avere donc etre un modele fiable, avec des temps de calcul restreints par rapport aux modeles tout-atome, tout en conservant un bon niveau de detail. Il offre ainsi la possibilite d’effectuer une recherche systematique sur les liens entre mecanique, dynamique et fonction des proteines" @default.
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