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- W844480960 abstract "Les mecanismes de regulation de l’expression genetique sont essentiels pour l’adaptation du comportement cellulaire face a son environnement (differenciation, developpement, reponse a un stimulus). Les etudes moleculaires decrivent une grande diversite de facteurs impliques dans ce phenomene (TFs, marques epigenetiques, nucleosomes) et plusieurs niveaux de regulation (initiation, elongation, epissage, maturation) qui expliquent la complexite du transcriptome cellulaire. Durant ma these, nous nous sommes interesses aux processus de regulation de la transcription en nous appuyant sur le modele de la differenciation lymphocytaire murine. Nos etudes decrivent le recrutement des GTFs et une activite transcriptionnelle caracteristique aux promoteurs des genes et sur les enhancers. Nous montrons egalement que les ilots CpG (CGIs) sont des elements regulateurs majeurs chez les mammiferes et qu’ils contribuent de maniere transcription-independante a la depletion nucleosomale observee aux promoteurs de certains genes. Nos collaborations nous ont egalement permis d’aborder des sujets relatifs a l’elongation de la transcription, l’epissage alternatif, ou les combinatoires de PTMs que peuvent exhiber le CTD de l’ARN Pol II et les queues d’histones. Dans un contexte de transition de l’ere pre-genomique vers des approches experimentales pangenomiques (s’appuyant notamment sur les technologies de sequencage haut debit), une proportion importante de ma periode doctorale fut consacree au developpement d’outils bioinformatiques pour le traitement et les analyses de donnees experimentales, issues de ChIP-on-chip puis de HTS (ChIP-Seq, MNase-Seq, RNA-Seq)." @default.
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